​Les ateliers de l'école EST se font en partenariat avec l'AIST depuis 2003. Ils sont ouverts dés la 1ére année comme ateliers d’entraînement et se poursuivent tout au long de la formation. Ils sont échelonnés à différents moments de la semaine pour que chacun puisse y avoir accès (soirée, week-ends, entre 12h et 15h)

D'autres ateliers, dits de pratique, sont ouverts dès l'acquisition du protocole de Shiatsu en fin de 1ére année. Ils permettent à l'étudiant de pratiquer sur le personnel soignant au sein d’établissements hospitaliers (Cochin, Necker, La Pitié, St Antoine, Broca, Hôtel-Dieu, Corentin Celton , Jean Jaurès, La collégiale) et sur le personnel des établissements publics du MRES et de la BNF. Ils sont ouverts plusieurs heures tous les jours de la semaine.

Dès l'entrée en 3éme année des ateliers spécialisés d'accompagnement thérapeutique sont ouverts au bénéfice des des malades souffrant souffrant de la Polyarthrite Rhumatoïde.

D'autres ateliers spécifiques de complément thérapeutique sont ouverts aux titulaires de l'école désirant se perfectionner en 4éme année (facultative) Ex : pavillon des enfants et des adolescents du Pr Cohen à l'hôpital La Pitié et adolescents du Lycée François Villon (Paris 15éme)

Des ateliers rémunérés vont s'ouvrir dans le milieu hospitalier à la rentrée 2020 il seront réservés aux titulaires diplômés de 3éme année.